生活_傻大方

  1. 首页

怎么用pymol

为什么Pymol中显示的氢键和其他软件不一样？

在Pymol中，可以通过使用特定对象后的[A]->查找->极性接触 来显示极性相互作用，包括氢键，盐桥。这一步操作背后调用的命令是mode=2下的距离测量命令，测量的是两个重原子之间的距离。Pymol中氢键的判定标准是效仿DSSP中判定二...

【分子动力学】PyMol入门教程

PyMol入门教程 认识PyMol 1.软件界面介绍 1.2 内置demo介绍 打开PyMOL,点击1.1菜单窗口的Wizard菜单，然后点击Demo->Representations 然后在2.3 对象窗口 和 2.4模式窗口之间会出现各种示例：1.Representatio…

Pymol学习笔记（二）pdb文件获得、处理与导入-哔哩哔哩

THU-Bimo 粉丝：2261 文章：7 1.pdb文件获得 pdb文件有很多获取方式，如果你是在做课题的前期调研工作，则需要大量查询、浏览pdb官方网站以寻求找到合适的...学会了这些使用pymol的基本功就基本炼成啦，希望大家能够享受pymol。

【分子对接】PyMol基础教程

pymol中包含配体和蛋白，那我们如何调整配体和蛋白的相对位置。以PDB ID:1hkv 为例，其中配体小分子为PLP。step1 打开蛋白文件，定位到想要移动的配体。step2 extract 操作，提取配体为新的object，并进行重命名。step3 对蛋白...

Windows安装免费开源PyMOL的过程

PyMOL是一个很好用的绘图软件，绘制出的图片很美观，因此在Windows系统上也需要常备一个PyMOL软件（关于PyMOL在CentOS上的安装已有 前文介绍）。系统：Win11 环境：Python 3.8 PyMOL：2.5.0+openvr 0.所选的PyMol版本 依旧选择...

PyMOL入门基础-分子三维结构可视化教程（下篇）知乎

在PyMOL中，还有多种结构叠合的方法，可通过“cealign”、“align”、“super”、“pairfit”、“fit”等命令实现。如当蛋白序列相似性低，而结构相似性高的话，可通过“super”命令来进行结构叠合，如蛋白1OKY与1T46使用...

Pymol作图入门教程1-

Pymol作图入门学习笔记 基本界面 点击 Wizard->Demo有一些示例 鼠标点击方法 按住鼠标左键任意移动可更改三维结构视图的角度；（如果转出了视.

CADD-Amber分子动力学-Schrodinger薛定谔-Pymol-AutoDock 等系列专题

教学目标：如何确立研究对象，熟悉蛋白数据库的使用，如何对研究对象建模。5模型文件的预处理 5.1 模型来源简介 5.2 蛋白文件简介第二天时间课时内容主要知识点 五.研究对象模型构建 6 模型文件的预处理 6.1 蛋白预处理 6.2 小...

Pymol 可视化分子对接

打开 PyMOL 并转到 File，Open 打开对接的 PDB 结构。将背景设置为白色 bg_color white保存图片 png image.png输入上述两个命令 怎么知道图片保存到哪儿？输入命令 pwd#查看工作路径；命令 cd D:/test#切换…

PyMOL：您真正需要知道的 10 个非常基本的命令「01」-今日头条

今天我们讨论了5 个基本命令，它们可以让您的PyMOL 生活更轻松。命令 1-更改 PyMOL 会话的背景颜色 哇哦！这将是一个有趣的命令！简单易行，您需要在 PyMOL 命令框中输入以下内容。bg_color white 您在关键字 bg_color 后指定...